Ozonun uygulanmasının yasak olduğu hastalıklar son derece sınırlıdır;
Alyuvarlarda bir enzim eksikliği ile birlikte seyreden Favizm (GL-F Dehidrogenaz Enzim eksikliği)olarak adlandırılan hastalığa sahip olanlarda,
Aşırı alkol kullananlarda,
Hipertiroidi (tiroid bezi aşırı çalışanlarda, diğer bir deyişle kontrol edilemeyen vakalarda)
İleri derecede kansızlık ve kanla ilgili bazı rahatsızlığı (Hemofili,kanama pıhtılaşma hastalıkları v.s.) olan hastalara uygulama yapılamaz
Kronik ve tekrarlayıcı Pankreas bezi iltihaplarında
Yeni gelişmiş kalp enfarktüsü ve kanamanın aktif olarak devam ettiği beyin felci gibi bazı hastalıklar ozon tedavisinin hemen yapılmasını engelleyen hastalıklardır
Ozona karşı allerjisi ve ya intoleransı (tahammülsüzlüğü) olanlarda (çok nadir görülen bir durum olup daha ziyade kokuya olan tahammülsüzlüklerde oluşabilir.)
Bu bakımdan uygulama öncesi bazı laboratuvar analizleri yapılarak durum denetlenmelidir.